Sejarah Singkat
Pada zaman Hindia Belanda, nama awal Persija adalah Voetbalbond Indonesische Jacatra (VIJ). Pasca Republik Indonesia kembali ke bentuk negara kesatuan, VIJ berganti nama menjadi Persatuan sepak bola Indonesia Jakarta (Persija). Pada saat itu, Nederlandsch Indisch Voetbal Unie (NIVU) sebagai organisasi tandingan PSSI masih ada.

Di sisi lain, Voetbalbond Batavia en Omstreken (VBO) sebagai perserikatan tandingan Persija juga masih ada. Terlepas dari takdir atau bukan, seiring dengan berdaulatnya negara Indonesia, NIVU mau tidak mau harus bubar, dan merembet ke anggotanya, termasuk VBO. Pada pertengahan tahun 1951, VBO mengadakan pertemuan untuk membubarkan diri, dan menganjurkan dirinya untuk bergabung dengan Persija.

Sempat menjadi jawara di era Perserikatan, klub ini semakin bersinar di era sepakbola profesional, setelah mendapat dukungan dan perhatian yang besar dari Gubernur DKI Jakarta Sutiyoso kala itu.

Sayang seiring dengan lengsernya pria yang akrab di sapa Bang Yos itu, maka kondisi keuangan Persija menjadi tidak jelas. Hal itu setelah dana Anggaran dan Pendapatan Belaja Daerah (APBD) DKI Jakarta yang selama ini menopang kehidupan tim, tak lagi bisa dinikmati.

Akibatnya Persija mengalami krisis finansial yang hingga saat ini masih terus dialami tim yang memiliki pendukung fanatik yang cukup besar bernama Jak Mania.

Pada Superliga Indonesia 2009/10, suasana tak kondusif di dalam manajemen klub membuat kehilangan calon investor. Dampak lainnya, manajemen terlambat memburu pemain. Bahkan untuk kursi pelatih hingga sekarang belum kejelasan siapa yang bertugas. Benny Dollo menjabat sebagai direktur teknik Persija, sementara Rahmad Darmawan resmi menangani klub ini untuk musim 2010/11 setelah melepas jabatan pelatih Sriwijaya FC Palembang.